Szkoła św. Franciszka rozpoczęła swoją działalność 1 września 1993 roku przy ul Teresińskiej 9 w przystosowanych do tego celu pomieszczeniach Domu Zakonnego Sług Jezusa. Pierwsi uczniowie szkoły uczyli się w wyjątkowych warunkach, ponieważ naukę rozpoczęło wówczas 10 uczniów. Pierwszym dyrektorem Szkoły została p. Maria Kosiorowska, która tę funkcję pełniła przez cały rok szkolny 1993/94. Od samego początku szkoła cieszyła się dużym zainteresowaniem, bo wkrótce zaczęło brakować miejsca w zaadaptowanych pomieszczeniach w domu sióstr.
Dlatego rodzice pierwszych uczniów w szkole zwrócili się z prośbą do zarządu Zgromadzenia Sług Jezusa (organ prowadzący szkołę) o rozbudowę szkoły. Zanim jednak decyzja taka zapadła już 4 czerwca 1995 roku pierwsi drugoklasiści przystąpili do I Komunii Świętej. Wówczas już od 1994 roku dyrektorem szkoły była p. Lucyna Michalik. Następnym krokiem w rozszerzaniu szkoły było poświęcenie jej sztandaru 4 października 1997 roku w kościele oo. Kapucynów przy ul. Miodowej. 4 listopada 1999 roku zapadła decyzja o rozbudowie szkoły i otwarciu kolejnych klas do klasy szóstej (do tej pory uczniowie kończyli naukę w szkole św. Franciszka po kl. trzeciej).
W lipcu 2001 roku uczniowie naszej szkoły udali się w pielgrzymce do Asyżu, gdzie żył i pracował św. Franciszek, patron szkoły. Tam spotkała ich wyjątkowa niespodzianka, bo jeden z braci kapucynów, który tam przebywał podarował im kamień z bazyliki św. Franciszka, który został wbudowany jako kamień węgielny pod budowę szkoły.
Od sławnej pielgrzymki i spotkania ze św. Janem Pawłem II w Rzymie nie trzeba było długo czekać, bo już 2. września 2002 roku otwarto nowy budynek szkoły i uczniowie z pomieszczeń w Domu zakonnym oraz z kontenerów przenieśli się do przestronnych sal, szerokich korytarzy, wygodnej sali gimnastycznej oraz pełnej ducha bożego kaplicy. Jeszcze tylko poświęcenie szkoły (18.12.2002) oraz kaplicy (17.05.2004). Od tego momentu w pełni wyposażona szkoła i oddana do użytku służy uczniom w zdobywaniu wiedzy, nabywaniu różnych umiejętności, poznawaniu siebie oraz kształtowaniu swojego człowieczeństwa.
1. 09. 2006 funkcję dyrektora obejmuje p. Dorota Frąk, która pełni ją do 2013 roku. Kolejnym dyrektorem zostaje p. Marzena Trelka długoletni pedagog szkolny, związana ze szkołą do 2016 roku. Od września 2016 roku funkcje dyrektora szkoły pełni p. Elżbieta Kordas.
